在整个文革时期，整个专案组（包含中央和地方各层）调查过大约200万个各级干部。仅中共中央、国家机关副部长和地方副省长以上的高级干部，被立案审查的即占总人数的75％左右。在审查中，滥用专政手段，大搞逼供信，制造了数以百万计的冤假错案，加上受牵连的亲属和有各种社会联系的人，全国被株连的群 众达1亿人。

长期以来，周恩来被认为是"大树参天护英华"，和康生、江青等"迫害狂"极力打倒老干部的形象形成了鲜明的对比。但是现在的材料表明，中央专案组是对党政干部进行迫害的主要法西斯机关。整个专案组都是在周恩来的直接领导下工作的，他领导和参与了"解放"一部分老干部的工作，当然也参与了所谓"康生和江青的迫害活动"。不可否认，康生和江青有私欲的一面，但是周恩来对"五一六"的穷追不舍，不也是出于私欲吗？更主要的方面则是，康生、江青、周恩来等人实际上是一个共同战斗的团体，都在为中央（很大程度上就是为毛本人或者为毛的路线）工作，要对中央专案组所犯下的包括审讯、调查、逮捕和实施众多法西斯行为共同承担责任。所有提交给毛泽东的要求立案调查的人员名单，都是在周恩来主持的专案组会议上预先讨论通过，也包含了周恩来对于众多专案组所提交报告的评语以及专案组所讨论通过的结论，这些评语和结论无一不是令人发指、怵目惊心。如果将周恩来在毛泽东指示下所保护的部分人的工作同其领导下的整个中央专案组所迫害的老干部对比，周恩来的保护无疑是黯然失色，微不足道的。

实际上，任何专案组的专案对象，群众组织提出批斗，都必须由周恩来批准。周恩来对谭震林在"二月逆流"之前一直是保护有加。但是"二月逆流"之后，不少群众组织提出"炮轰谭震林"，首先是3月14日，周恩来的联络员董枫在财贸联络委员会上传达了周恩来的意见：谭震林的问题同志们认为要搞就搞，由大家定。5月份，农林口的造反派提出要批斗谭震林。6月13日，周恩来指示可以批斗谭震林。蒯大富被采访时就陈述当年他们提出批斗王光美后，先后请示戚本禹、江青、周恩来的过程，最后由周恩来通知他，中央批准这次批斗，并用周的专车送王光美到清华接受批斗。

周恩来在文革中多次诬陷薄一波是叛徒。不过，在薄一波因长期"监护"身体衰弱、危及生命时，周恩来指示将他送进医院保护起来，救了他一命。以至后来薄一波说，如果没有周的关怀，他也许早已被迫害死了。知情人讲述，文革中被打倒的将帅能否入医院治疗，甚至是否可以开刀，都要经周亲自批示。知情人亦讲述了陈毅在治疗上的失误应由周恩来负责。可以说，相对于薄一波的幸运，周恩来制造了更多的不幸。

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