关于真实的黄飞鸿的生平，是很有意思的事情。他的一生，恰恰展现了洪门兴衰的历史。黄飞鸿1856年出生，他的家族属于洪门世家，并且属于洪门的高层。年轻时代的黄飞鸿，一开始只是负责佛山西樵水域航运的小打手，后来逐渐成长为洪门大红棍。在当时，洪门事实上就是在珠江水系从事码头航运的垄断性帮会，并与广州十三行有着深度合作。在开办佛山宝芝林这个跌打药馆的背后，黄飞鸿的日常主要工作其实是以武力垄断珠江水运码头的搬运工作，在肉体上消灭敢于与洪门竞争的对手，并负责训练洪门的打手团，也就是挂名在广州十三行旗下的“团练”。
年轻时期的黄飞鸿的日常生活就是在广佛两地四处奔波，打打杀杀展示暴力。在此期间，黄飞鸿确实展示过很强的打架的能力，并在佛山民间留下了狭路相逢拔刀就砍的诸多江湖故事。
到1900年之后，年满50岁的黄飞鸿在洪门的职位已经很高，并在广州定居了下来。这个时期的洪门已经将注意力集中在反清之上。虽然史书上缺乏相关记载，但是按照最合理的推断，这个时期的黄飞鸿应该深度参与了广州的历次武装反清暴动。当然了，这些暴动全都是在孙中山的忽悠之下发动的，孙中山只负责出一张嘴，募捐而来的资金全花在了自己的吃喝玩乐上，从来没有向暴动提供过一毛钱的资金和武器。而洪门子弟负责流血牺牲，并且全都是白白的牺牲。
1924年，孙中山以黄埔军校为基地，编练出了属于自己的武装力量。为了维持这支军队，孙中山在广州横征暴敛，以致民怨沸腾。广州十三行和洪门上下，因此与孙中山正式决裂，并拒绝缴纳税款。
到了10月初，孙中山从苏联手里借到了7千多把枪和数百万发子弹，在武力上终于超过了广州商团的团练军。于是10月15日，孙中山直接下令剿灭以洪门子弟为主要力量的团练军。双方激战五天，全广东范围内团练军最终被击溃，所有俘虏均被孙中山下令枪毙。然后孙中山下令火烧西关，将团联军的尸体扔进火海，一把烧了个干净。
当时的黄飞鸿已经是68岁的老人。他在广州的居所宝芝林，在火烧西关的过程被烧成了一片白地。黄飞鸿侥幸逃过了孙中山的血洗，但是此时他的气怒攻心，很快就病倒了。
但是黄飞鸿坚决不肯死。1925年3月12日，坏事做绝的孙中山，在赴京与袁世凯谈判过程中暴病而亡。黄飞鸿听闻之后，于4月17日安详病逝。

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